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西藏简史
- 远古的西藏
- 统一的西藏
- 分裂的西藏
- 佛教的复兴
- 萨迦王朝
- 蒙古元朝与西藏的关系
- 帕竹（乃东）政权的建立
- 松秋坚赞对西藏整体的改革
- 中国明朝与西藏的关系
- 帕竹王朝与仁蚌巴统治时期
- 藏巴第司政权
- 格鲁派与历辈达赖喇嘛
- 五世达赖喇嘛及噶登颇章
- 定内乱和与不丹、克什米尔的战争
远古的西藏
根据西藏史书记载，“此间西藏如同印度，疆土和人类等自古即有＂，并承认西藏原来是一片汪洋大海，後来海水逐渐退落，才逐渐有了植物及动物的繁衍生息。有关西藏民族的起源，西藏史书普通记录了猿猴与罗刹女交配而产生西藏原始六氏族（或六大姓即噶、哲、扎、党、讷沃、韦达）的说法。《隋书》等亦记载了位于拉卜愣一带的党氏藏人（即宕昌羌）自称为弥猴种，表明了西藏民族对本民族族源的认识。
根据现代科学研究表明，距今六至二亿年前，西藏地区是波浪滔天的海洋，距今约三千万年前，海水退出，本世纪七十年代先後在西藏吉隆等地发现了三趾马动物群、大唇犀、小古长颈鹿以及热带植物等的化石。西藏高原的形成是因地球板块的运动，在距今约三千万年开始不断隆起的结果。从发掘的新旧石器表明，早在五万年以前西藏高原就有原始人类在繁衍生息。
根据史料记载，至少在公元六世纪整个西藏高原都分布著被中国人泛称为“羌＂的说藏语的小国家和部族。这些部族都自称著蕃（读bo藏文为BOD），如後藏的藏蕃、现甘青的党氏的党蕃、在康区的附（读蕃）国等等，其中位于雅鲁藏布江流域的雅隆国的十二位苯教领袖于公元 前127年迎立聂赤赞布为王，几百年後，聂赤赞布的後代统一了整个西藏，因此西藏人将聂赤赞布登上王位的那一年作为西藏王统元年，距 今已有2127年了，故2001年是西藏王统历2127年。聂赤赞布称王後建立了号称西藏第一宫的雍布拉宫（见照片），在聂赤赞布以前，根据西藏史书的记载，西藏还经历了玛松九兄弟统治时期以及二十五小国、四十小邦到十二小国等等，史书记载了各国王、大臣的姓名等，表示这些小国“喜争门杀戳，不计善恶＂。
从聂赤赞布开始西藏雅隆国王先後由七天座王、中二丁王、六地善王、八德统王、五赞王等统治。其中的中二丁王指直贡赞布和布德贡嘉。据苯钵教的记载：直贡赞布曾迫害苯钵教，实行“灭法＂。後因与属国大臣罗盎比武被杀。其三子分逃各地（蒙古有些史书根据这个记载，认为其中一子尼迟逃到蒙古，後来成为蒙古之王，及为黄金家族之始）。十几年後，惹列杰攻杀篡位的大臣罗盎。拥直贡子沙迟王号布德贡嘉（藏语“战胜一切＂之意，後成政权的名称，即《唐史》所谓的悉补野）。约在当时，西藏已能烧木为炭，熬皮为胶，开发和冶炼铜铁银三种矿产，制作牛轭，二牛并耕，引高山之水入渠灌溉农田，建桥筑路，制定度量单位等等。
五赞王中的拉图图日年赞时期，佛教第一次传入西藏。
根据藏文史料：上述二十八代赞布（赞布，藏语强者之意，为国王称号）时期，雅隆国王虽为各小国联盟的共主，但各小国叛服无常，因此有些学者认为实际统治范围仅限于雅隆地区。五赞王之後，先後有赤念松赞、仲年德乌（约生于公元394年，因患传染病与王妃双双进入墓 穴）、达日年斯、朗日松赞的统治。到朗日松赞时，统治范围已扩大到大部分卫藏地区。
统一的西藏
大约公元581年左右，朗日松赞之子松赞干布十三岁登上王位後，在布达拉山上建立皇宫。当时大概以囊谦二十五族（现玉树）一带的松波 ，谦多（即昌都）一带的康国（汉史称东女国），甘孜一带的附（读蕃）国，理塘一带的蕃绿（或薄绿），居青海的党氏各小国（即唐史所记党项，但该党项与拓跋氏无关）以及吐谷浑等这些说藏语的国家经松赞干布的文攻武略，先後得到统一。
在他统治期间派遣十六名聪颖的西藏儿童前往印度学习，（其後有学成归国的吐米桑布扎以梵文为兰本创制了藏文并制定文法--但根据本教史书记载，在此之前西藏已经有文字，现代的许多西藏学者相信在此之前西藏已经拥有文字，吐米桑布扎是集大成者），大约公元585年， 派噶东赞（即唐史中的禄东赞）到尼泊尔迎娶尼迟尊公主，迟尊公主携来了西藏第一尊佛像不动金刚佛。并修建了饶萨孜拉康（即拉萨大昭寺），尼妃在布达拉松赞干布的皇宫旁建了很华丽的居室（到五世达赖喇嘛建立噶登颇章政权後在此基础上建成了举世闻名布达拉宫）。
公元637年松赞干布率兵攻吐谷浑，并第一次与唐朝发生冲突，公元640年派噶东赞迎娶唐文成公主，文成公主携来了释迦牟尼佛像并修建了饶摩齐（即拉萨小昭寺）。
松赞干布的另三个妃子象雄公主、门妃迟江、惹拥妃等分别创建了寺院。据说当时在西藏建立了108座佛庙。
在松赞干布时期，西藏获得统一并创制了文字，同时在全国范围内作了完整的行政规划，创制了许多法律，著名的有“钦定六个大法＂等。在松赞干布时期，藏中间关系良好，西藏曾派留学生到长安学习。公元647年，唐朝使者王玄奘在中天竺（印度）遇劫，王逃到西藏，松赞干布遣千余精兵和属国尼泊尔的军队助王攻灭之。
松赞干布去世後，公元670年，西藏攻占西域，唐朝皇帝亦试图帮助女婿吐谷浑王（弘化公主之夫）恢复失土，封薛仁贵为逻些（即拉萨） 大总管，率十余万军队进攻西藏，在大非川（现安多大河坝）与西藏将军噶倾陵交战，薛仁贵全军覆没。他本人“与倾陵约和仅于身免＂。公元678年又派中书令李敬玄，工部尚书刘审礼统兵十八万进攻西藏。在青海湖边，唐军再次大败，刘审礼被俘。从此唐朝放弃了直接攻击西藏腹地的念头。
在文成公主嫁给西藏赞布七十年後的公元705年，唐朝又将金成公主嫁给西藏赞布迟德祖丹。公元714年，西藏与唐议和签订条约规定以河源为界。未几战火又起730年又签约定赤岭为界。据“敦煌文选＂和“达扎乐宫石碑＂记载：唐应允向西藏纳绢五万匹，以为岁绢。至代宗继 位，停止向西藏纳绢。继赤德祖丹登上王位的迟松德赞极为恼怒，遣达扎乐宫率二十万之众攻陷唐都长安，另立金成公主之侄为王，签约後退兵。
公元783年第六次和谈，定国界为泾州（甘肃泾川）西至弹筝峡西口（甘肃平凉西一百里）、裸拢州（陕西拢县）西至清水县、凰州（陕西凰县）西至同谷县（甘肃成县）及剑南西山大渡河东为唐界，西为藏界。为了迎请佛祖舍利，西藏还出兵印度，并在恒河边竖起界碑。
这一时期，西藏赞布从印度迎请了西藏佛教史上著名的莲花生和西瓦措到藏弘法，建立桑耶寺。并第一次有藏人出家为僧。随著佛教的广泛传布，分别传自印度和唐朝的两派佛教开始发生分歧，双方互不相让。最後以印度僧噶玛拉西和唐僧大乘和尚为首的双方展开辩论，辩论结果以大乘和尚的失败而逼迫按约定离开西藏。从此西藏不准再尊和修习唐传佛教（据说大乘和尚宣说的并非是正统的唐朝佛教）。当时西藏还派出了三百人前往印度学习梵文并从印度迎请译师，大量翻译佛经。
迟松德赞之子牟尼赞布曾三次平均庶民财产。牟尼赞布之子迟热八巾大力推广佛教，定立喇嘛供给制度并对藏文进行了改革。西藏历史上将他和松赞干布、迟松德赞合称“西藏三法王＂。迟热八巾约于公元838被苯教徒杀害。
公元822年，西藏和唐朝举行和谈，并将条约内容刻石立碑于拉萨（即现拉萨大昭寺前的石碑）、长安及边境格革乜日，由此从公元637年开始的，长达近两个世纪的战争才告结束。在此期间，双方先後签约和谈，但战火一直联绵不断。
分裂的西藏
佛教内部的矛盾被消除以後，佛教与苯教的矛盾却日趋激化，热八巾被害後，继位的是达玛乌东赞（又称朗达玛）。达玛兴苯灭佛，又被信佛的拉伦多杰刺杀。达玛的两个儿子云丹和乌松为争王位而相互攻伐，由此引起的内战扩及全国，加上庶民造反，西藏终於陷入四分五裂的状态。即西藏史书所谓的分裂时期。
内战中，西藏全国形成许多互不相属的小国，其中云丹的後裔占据拉萨一带，形成拉萨王系。
乌松的孙子扎德尼玛贡退居阿里，并将属土分封给三个儿子，其中长子据门域（印度河上游）形成拉达克王系；三子据象雄，为古格王系；另一乌松的孙子在拉多传出雅隆觉阿王系；该王系还在西藏安多宗喀一带（即现西宁）建立了宗喀国（即宋史中的角斯罗）。宗喀国曾经很强大并与同样是西藏藏族一个分支西夏人长期交战。
西夏，许多西藏学者认为那是一个由藏人建立的国家，根据西藏六大姓氏的划分他们属于党氏，因此在中国史书中称他们为党项羌。党项羌的一部分在西藏统一的过程中，退到西藏和中国交界地区，後他们建立了西夏国，由于其国土大部分在中国，人民绝大多数又是华人，因而受华风影响。西夏曾防照汉文创制过一种文字。最後被蒙古所灭。
宗喀国曾长期与中国宋朝结盟对抗西夏。最後被宋攻灭。
达玛灭法後佛教在西藏几近绝迹，八十多年後开始从多康复兴，由阿拉王系所宏扬。在分裂初期的战乱过去後，西藏社会日趋安定，于是，藏人纷纷拜请印度学者、高僧、译师讲经说法，公元1041年，阿里王益西翰以生命为代价，迎请印度超岩寺尊者阿底狭到藏，尊者阿底狭以 61岁高龄于公元 1042年到藏宏法，其弟子仲敦巴建热振寺，由此传出藏传佛教噶党派（百余年後，经宗喀巴改革形成格鲁派）。
卓弥释迦益西拜印度人嘉雅达罗等为师，其弟子昆贡秋杰保于公元1034年创建萨迦寺，形成萨迦派。
译师玛尔巴前後几次赴印度向那若巴学法，其弟子米拉日巴以其坚苦卓绝的修行而成为西藏家喻户晓的圣者，由米拉日巴的弟子达波拉杰传出达波噶举派，达波噶举又有四系八支之分，即达波拉杰的四个弟子形成的噶玛、帕竹、擦巴、巴润四系，由帕竹的八个弟子形成的直贡、竹巴（现不丹国教）、达隆、雅桑、楚布、玛仓、耶巴、修宝等八支。
琼布年久赴印度向尼古玛等人学法，後在香地方建寺形成香巴噶举。在该教派中，有汤东杰布者，以演藏戏募捐在西藏各河流上建百余座铁索桥而闻名。该派後融入达波噶举中。
印度僧人帕当巴桑杰多次入藏传法通过翁波译师形成希解派，又传给释迦益西形成觉宇派（据说此派与中国禅宗有共同之处）。
印度僧达瓦贡波入藏传给域摩、米觉多杰，下传之第七代宫帮图解尊珠建觉囊寺，形成觉囊派。觉囊派有一著名人物多罗那塔，著有《印度佛教史》，曾在蒙古宏法。圆寂後其转世改宗格鲁派，即为蒙古政教领袖哲布尊丹巴。另外还有承传自赞布时代的宁玛派和西藏原始宗教苯教等，也在这一时期从各方面得到发展或充实。总之，西藏分裂时期在政治上是各自为政，在文化上却是一个百家争鸣的时代，各种学说、各种教派纷纷形成。对西藏未来的历史产生了巨大的影响。佛教也是在这一时期成为主导整个西藏的宗教。
公元1195年左右，蒙古的军事势力到达西藏边境地区，位于西藏边境的各部为自保纷纷派人献上丰厚的财宝，才避免了蒙古军的侵扰；此後为免兵祸逐渐形成由西藏各部向蒙古交纳被称为“达诺＂的数量不大的财物。公元1227年藏人得知成吉思汗的死後停止向蒙古供献。继位的窝阔台于1240年遣大将多达那波进军西藏，蒙军攻到西藏中部，一路烧杀颇重。当时在凉州的阔端（窝阔台之子）去信给多达那波，称需要一个引导蒙古的好喇嘛，问多达那波西藏何人最善。多达那波回信称“僧团最众的是噶玛巴，处事最强的是达隆巴，最为威严的是直贡巴（达隆、直贡是噶举派的两个支派），最精通佛法的是萨迦班智达＂。阔端称人众威严我亦有之，我需一精通佛法者。乃遣多僧宫和本觉达为使，专程前往迎请萨迦班智达。
公元 1244年，六十余岁的萨迦班智达应邀领著两个侄子（十八岁的八思巴和六岁的恰那）起程前往凉州。到1247年与阔端会晤，萨迦班智达以西域学者为译师，向阔端宣讲佛法，令阔端敬信并使其免除天下僧尼的赋税兵疫等，还劝说蒙古人并从此停止了由于惧怕汉人的反抗而每12年驱壮丁入海淹死的手法。阔端为萨迦班智达建造了幻化寺，供奉了大量的财宝，由此开始了西藏喇嘛与蒙古间的施舍关系。
所谓的施舍关系或被施者的关系是指私人对自己的喇嘛在宗教上虔诚敬信，这种关系不是政治关系，所以即使施主的政治地位发生变化也不会改变，西藏与蒙古间的施舍关系，在蒙古帝国灭亡後亡仍然存在。在施主与被施者关系中不可或缺的条件是：施主对自己上师喇嘛奉献供品；除此而外施主还必须保护自己的上师喇嘛。这点对于拥有军力或世俗权力的施主显得更有意义。这种关系不是因喇嘛热衷于施主的王政，（任何人只要信仰都可成为施主，在此是仅针对政治领袖而言的）而是喇嘛在宗教上对施主予于指导，并为其进行祈祷等缘故。其中也有部分掺杂著政治因素者，那时由于保卫上师喇嘛的宗教或事业需要，由施主出动军队所造成。双方的关系并不是如中共所宣传的保护者的地位高于喇嘛。因为这种保护不是国王对臣民的保护，而是喇嘛的弟子或喇嘛的教徒从宗教信仰的角度为自己的上师喇嘛效劳。
当时萨迦班智达鉴于蒙古武力强大，藏人无力抗拒而写信给西藏各地官员，晓谕各地不要抱侥幸心理抗拒蒙古。
公元1251年萨迦班智达圆寂，不久阔端亦逝。公元1253年，接受了萨迦班智达全部承传的八思巴与忽必烈会晤。当时，忽必烈认为西藏人不过是一个荒蛮之地而已，当八思巴告诉他西藏的辉煌历史时，忽必烈不信，查诸中国史书，果如八思巴所言。在此期间，八思巴不仅向其讲述佛法而且还解答了忽必烈提出的许多疑难问题，使忽必烈对佛法产生虔诚的信仰。
其後，忽必烈请求八思巴授其密宗金刚灌顶，八思巴婉拒道；“你不可能遵守誓言或戒律，而且也没有好的译师，以后再说＂。忽必烈问“需要遵守什麽誓言＂八思巴指出：“从喇嘛处接受灌顶以後，上师喇嘛不仅要坐上座，接受灌顶者以身顶礼，而且对上师喇嘛所说的必须言听计从，从内心深处做到不违背上师喇嘛意愿＂。忽必烈提出：平时和讲说佛经时上师喇嘛坐上座。在会见大臣、民众等时，为了服众汗王坐上座。有关西藏的一切事务，唯上师喇嘛是听。蒙古与中国地方的大小事务，因喇嘛慈悲为无量，恐难服众，所以乞喇嘛不要发言。八思巴从之，乃先後三次为汗王、王后以及二十五大臣等授萨迦派所特有的殊胜喜金刚灌顶。做为灌顶的供献，在第一次灌顶时，忽必烈献上了卫藏十三万户之地；第二次灌顶时，又献上了整个西藏三区。
当时蒙古军队已经征服了东西方的众多国家，蒙古军队对占领的地区一律实行直接统治，任命地方官员、征调赋税、兵役等。但在西藏并没有进行实质的统治。而自从献上三区以後，再也没有一个蒙古汗王把西藏计算在自己的领土内。忽必烈攻灭南宋以後，划天下为十三个行省，其中没有西藏。蒙古统治者将统治区内的人民按民族划为三等，虽然中国学者为了现实利益，声称元朝是中国元朝，却不知在元朝的十几个中外被统治民族中，中国南人（汉族）却被垫底划为第三等。而同时在这十几个被统治民族中，也没有西藏。
八思巴自蒙古的支持下，开始对西藏的统治，任命自己的近侍释迦松波为萨迦政权的本钦（藏语大官之意），贡噶松波为内总管，共同主持日常事务并管理蒙古习俗建立的卫藏十三万户和其他官员。从此西藏停止了向蒙古交纳被称为达诺的财物，而改向萨迦政权纳贡服役。
公元1265年，八思巴回藏後，又划分十四个不同的部门，各司其职并分别任命了官员，由此萨迦政权的统治机构得到进一步的加强。对康和安多地方则除了让他们交纳规定的赋税而外或任命官员或继续让地方世袭部长管理。同时又陆续在康和安多建立了许多萨迦派的寺院。当时，还进行了被认为是西藏历史上第一次人口普查。
在西藏期间，八思巴根据忽必烈的要求，按藏文字母的拼音方式创造了蒙古文字，史称“八思巴文＂。
八思巴到北京後，萨迦王朝的第一任本钦释迦松波征调十万户的差役，开始修建闻名的萨迦大佛殿。八思巴一方面为“皇天之下、一人之上＂（忽必烈给八思巴的尊号）的帝师驻北京，另一方面又是西藏的实际统治者。但以後的历代帝师却很少直接掌管西藏事务的。 在此之前，忽必烈还曾建议八思巴在西藏禁止其他教派的存在而独尊萨迦派，为八思巴所拒绝。
公元1276年，八思巴再次返回西藏，忽必烈依依不舍从京都一直送到西藏境内的黄河大弯处，并在此欢宴数日後才返回京都。公元1280年八思巴在西藏萨迦圆寂。有关八思巴圆寂一事，萨迦世系中没有详细记载。但据其他史书记载：有近侍在八思巴与第二任本钦之间挑拨，使八思巴对本钦有所不满。近侍借此又私自以八思巴的名义召蒙古军队前来，在蒙古军队未到之前，近侍恐八思巴知内情後降罪下来，而将八思巴毒害。八思巴圆寂後，应召而来的蒙古军队攻杀了第二任本钦。公元1285年，直贡万户不服萨迦中央政府的管理，联络上部蒙古“忽拉海＂，企图进占萨迦。当时的第九任本钦盎隆于1290年征调十二万户之兵，攻占直贡并杀万余人。史称“直贡之乱＂。
到公元十四世纪四十年代，萨迦政权内部之间的争权夺利日趋严重，第十二任萨迦本钦嘉瓦松波，为卸任的第十七任萨迦本钦。他再次出任第二十任萨迦本钦後，与内总管旺宗发生争权夺利的冲突。帕竹万户乘机于公元1358年攻灭了萨迦政权。
中共有关西藏归属元朝的根据主要有：
（1）萨班在凉州曾写信劝藏人归顺
（2）曾派兵平乱
（3）设立驿站
（4）设总制院管理西藏事务
（5）调查户口确定贡献。
萨班（萨迦班智达）劝藏人归属蒙古的信，是他于1427年与阔端间面後写的，见面後仅三年萨班就圆寂了，所以史籍中对他的信发挥多少作用并未记载。还有，萨班到蒙古并不是如中共所谓“由西藏各地官员和头人推举与蒙古商谈归顺事宜＂的。他是应阔端之邀前往的。当然，不管萨班的信是否发挥了作用，当时蒙古各王系在西藏无疑都拥有自己的影响范围，据记载：当时信仰佛教的蒙古王室人员都与西藏的喇嘛有较密切的联系，如达拢派与阿日喀布，止贡派与蒙哥汗，帕竹与海都等等。但到1260年，忽必烈献西藏三区给八思巴後，在藏的蒙古军队等全部辙出了西藏。八思巴圆寂时，应八思巴之召前来的蒙古军在攻杀被认为对八思巴不敬的本钦後退出西藏时，为防备与忽必烈交战的北部蒙古而曾在西藏北部边境留下了少数军队，战事结束後也就辙走了。这次的短暂驻军是为了防备与忽必烈争战之海都部的侵扰，而不是为了统治西藏。
西藏的驿站是1260年建立的，有关详情在《汉藏史籍》 （应为 《印藏史籍》此沿用大陆译法）中有明确记载，忽必烈对前往西藏的官员指示：“萨迦以下……防照中国制建立的驿站，喇嘛八思巴回去时，道路要顺通＂。可见开始建驿站都建立在北部寒冷地带，藏人多逃亡，使蒙古、西藏的过往使者、官员沿途得不到乌拉供应，需要自行照料，因此应众人之请，蒙古大臣桑哥从留驻北部的蒙古军队中抽人充任。在中国史书中偶尔记载的所谓宣慰使等官职，可能有不同的情况，如所谓的陕西行省吐蕃宣慰使，仅指中藏交界的河州一带的藏人，并不涉及整个西藏。其他的宣慰使，在仅有的少数几条宣慰使的记载以及给蒙古皇帝的奏事中，几乎事事与驿站有关，似为管理驿站的官员。中共对史料进行主观发挥，将其解释为宣慰使管理西藏，应属牵强附会。因为如有此事，不可能藏汉史料均无记载。
元朝建立的总制院，全称“释教总制院＂，是管理佛教的专门机构，由西藏萨迦派僧人充任的帝师领导。由于初期的帝师是由八思巴及其侄子等昆氏王族的僧人担任，昆氏家族一身而既是西藏的统治者，又是蒙古皇帝的帝师，因此在《元史》中有“兼治吐蕃事＂的记载并不奇怪，这所谓“兼治吐蕃事＂所表现的应仅仅是元朝初期的事实。因为其後充任帝师的多为非昆氏的萨迦派堪布或弟子，他们当然管不了西藏萨迦政权的事。也因此，後期有关帝师的记载只称“统领诸国释教＂。如至元十九年（1282年）“诏立帝师答耳麻八喇利吉塔掌玉印，统令诸国释教＂“至元二十八年，授 XX为帝师，通令诸国僧尼教事＂“泰定四年，以西僧 XX为帝师。赐玉印，仍诏谕天下僧＂（均见 《元史》 ）。可见以後的帝师仅管“僧尼教事＂。当然帝师作为萨迦统治集团的组成部分，有时可能也会插手西藏事务。
调查户口是萨迦官员和蒙古官员共同举行的，旨在帮助萨迦派统治西藏而不是由蒙古向西藏征收贡赋，这点有关记载都非常明确，而且调查户口後统治西藏的是萨迦王朝。至于确定向蒙古的贡赋，则是空穴来风，毫无根据，因为自萨迦政权建立以来，西藏就停止了向蒙古纳税进赋。
帕竹是噶举派的四系之一，公元1208年，止贡派教主久典公波任命随从京峨扎巴均乃为帕竹教派之主寺顶萨梯的主持，从此该寺的主持就一直由隆氏家族所承袭。
萨迦王朝统治下的西藏官员中，止贡、帕竹、嚓巴三个万户长不仅辖区地广人众，而且也是萨迦皇室的内侍，帕竹王朝的创建者松秋坚赞，于1302年生于隆氏家族，九岁出家为僧人，1313年前往萨迦，在萨迦与当时的本钦乌色僧格熟，因此获推荐，被萨迦贡玛（“贡玛＂藏语皇上之意）任用为宫廷“当聂＂之职，後因难于忍受贡玛的责难而辞去，公元1315年的一次宴会上，萨迦贡玛用一金盘将剩菜赐予他後称：“你堪任万户长，要勉之＂等。二十岁那年完成学业後被萨迦贡玛委任为帕竹万户长，并赐予大司徒称号（松秋坚赞在其夺取政权後写的《自传》中，称大司徒之号得自蒙古王室）印信等，于1321年遣回帕竹，然而当时任帕竹万户长的嘉赞加不愿交出权力，一直拖到第二年九月，因萨迦直接出面施加压力才交出权力。松秋坚赞担任万户长後，以武力夺回了原来被其他万户夺取的土地，因此与雅桑万户长发生长期战争，双方虽向萨迦提起诉讼，但对萨迦派来的调查官，由于双方贿赂，争端并未得到解决。後来萨迦政府决定任命一叫索南坚赞的萨迦内侍为帕竹万户长，松秋坚赞却坚持要求力主这一任命的内总管说明原因并拒不交出权力。萨迦政府作出多次和解努力而无效後，决定以武力息讼，如违抗则逮捕雅桑、帕注、汤不切（支持雅桑的另一万户）三万户长，并由萨迦直接统治三个万户的辖区。公元 1351年，萨迦本钦率各路兵马来到雅隆，并突然将三个应召前去谒见的万户长逮捕，随即宣布撤销三万户长之职，其辖区直接归属萨迦王室等。
然而守卫帕竹万户府所在地乃东堡塞的军队，却按照松秋坚赞的指示拒不投降，萨迦方面则将松秋坚赞押解到藏地。就在这时，萨迦王朝内部的内总管旺宗与本钦加瓦松宝之间的矛盾开始转为白热化，加瓦松宝为防旺宗夺取自己的本钦地位，试图寻找一个强有力的外援，他选择了松秋坚赞。
1352年，加瓦松宝伪称潜遵遁而将松秋坚赞放回，并陆续撤走了驻防在乃东附近的萨迦军队。松秋坚赞回来後不久就攻占了雅桑和汤不切， 1354年，内总管逮捕嘉瓦松宝并领兵前来讨伐，松秋坚赞奋起迎战并打败了萨迦军队，萨迦朝廷虽因各高僧的调停而暂时得到保留，但查巴、止贡等卫藏其他地区则被松秋坚赞的威名传遍西藏，康区和安多的大小官员和喇嘛等亦纷纷遣人前来表示归顺。
几年後，偏安一偶的萨迦朝廷再次内门，并造成本钦嘉瓦松保的突然死亡，松秋坚赞借机于1358年挥兵进占萨迦，废除最後一任萨迦贡玛罗珠坚赞，逮捕和处决了四百余官员，并任命囊喀松宝驻军萨迦寺。由此开始了帕竹政权统治西藏的时期，由于帕竹政权定都乃东，故史书又称其为“乃东王朝＂。
推翻萨迦王朝後，松秋坚赞对西藏进行了一系列改革，如推行庄园制度并成立了十三个宗（县）、宗本（县官）由乃东政权直接任命；鉴于萨迦沿用蒙古习俗，征税断案等随心所欲，无章可寻，且法令无常，加上本钦任勉频繁，不利统治，因此制定税法并根据西藏赞布时代的法律，制定了有关法律条文，史称“十五律＂；由于萨迦官员喜著蒙古服装等，松秋坚赞参照西藏赞布时代的服装，制定了官员、王子、夫人装等；由于松秋坚赞的励精图治，西藏政局与社会稳定，史称“老妇背金砖行全藏而没人抢夺）时期＂。
公元 1363年松秋坚赞圆寂。四年後，中国农民军从中国赶走了元蒙的军队并建立了明朝。元朝从此退回蒙古本土。
中国明朝与西藏的关系
朱元璋建立明朝後不久，曾遣使到西藏，通知他已建立了明朝。朱元璋在诏书中数落了“胡人窃据中华，冠履倒置＂後称：“朕乃名将率众悉平海内，臣民拥戴为天下主，唯尔吐蕃邦据西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示使者至吐蕃＂；他还遣邓愈率军攻吐蕃，邓攻克西藏的临洮、河州等地，元官员镇西王等降。于是明朝在此建立了河州卫，这是明朝在西藏土地上建立的唯一的统治机构。此外原元朝的帝师萨迦派僧人喃加巴藏卜，亦前来交回元授官印，并经他推举，明朝封了几十个西藏人各种官号，如“多甘、乌斯藏武卫诸司＂等等。“皆给诰印＂令“自今为官者，务遵朝廷之法，抚安一方＂。这可能就是中国所谓“明朝继承了元朝对西藏的统治＂的根据，只可惜这些元朝和萨迦王朝的官员，早已被松秋坚赞扫地出门，不仅元朝帝师所属教派的萨迦教主被赶下国王宝座，而且连其母寺萨迦大寺都被松秋坚赞派兵驻守，这些遗老遗少那里还能在西藏“为官＂并“遵朝廷之法＂呢？即使假定萨迦受元朝统治，在西藏，除了这些遗老遗少而外，明朝也实在已没有什麽可继承的了。而封这些遗老遗少官职，实际亦不过在明皇“四方归心＂一栏中聊备一格而已。
在中国明朝近三百年间，西藏先後经历了帕竹王朝、仁蚌巴政权、藏巴第司以及噶登颇章政权的建立等。有明一代，有许多明朝皇帝信仰佛教并厚待西藏来的僧人，西藏僧人为传布佛教或为了明朝皇帝的丰厚回赐而成千上百地前去“进贡＂，而明朝皇帝对凡是要求给官号的，不管其为谁，几乎有求必应。因此在《明史录》等中记载了许多西藏的法王、国师等。这些西藏僧侣每次前来贡马、佛像等，皇帝则给他们超出贡品价格几倍以上的丰厚回赐。这种关系，史称其为“贡赐贸易＂。明朝皇帝不仅对前来的西藏人要求给官号者有求必应，而且还主动派人送官号给藏人，如“章样加沙灌顶国师＂等，就是未经请求而由明皇主动将印信等千里迢迢派人送去的。当时，不仅河州一带的西藏人，一些中国人也学藏语後，伪造印信前来进贡请封领赏，甚至承袭藏僧的封号等。当时一明朝大臣估计有三分之二的进贡者是假的。在《明史录》中，除偶尔特有一些在藏中边界招抚藏人部落的记载而外，其余有关西藏的事就全是这真假难分的法王、国师以及藏人进贡领赏的记载。
明朝皇帝多信佛教，许多藏僧到北京後不愿回去，他们照例都能得到“法王“等封号。甚至有时皇帝也自封法王，如 1510年，明皇自封＂大庆法王“，并刻印在诏书上使用。平时著僧装与僧人一起念经，官女愿为尼者，皇帝亲自为其断发说法等。
藏人从中国皇帝处领得“封号＂後，最大的利益是“进贡＂後可获得更丰厚的回赐，而且数以千百计的进贡者的一切开支都有明朝负责。这些西藏僧人、商人虽非西藏的统治者，但也仍然赶著马匹，带著氆氇等特产前来“进贡＂，在得到丰厚回赐或者还要加上一些“封号＂的同时，回来时可以大量收购茶叶（茶叶本由官府专卖，用于换取藏人马匹，唯藏僧或冒充藏僧的进贡者，可私自收购），《明史录》还记载了一些进贡者嫌皇帝的回赐太少，而在官外嚎啕大哭要求增加的事。随著西藏人的不断涌来，皇帝的国库日益空虚，因此也有一些皇帝将藏僧全部赶出并拆毁寺庙等。当然，这些所谓的进贡者（多数是河州等地的藏人或汉人冒充），少数是有名望的喇嘛前去传教，但多数不过是一些普通的僧侣或商人，中国皇帝给他们的封号并不能使他们拥有与此相应的权力。这些“封号＂充其量不过是一种尊号而已。期间先後统治西藏的是帕竹巴、仁蚌巴、藏巴国王以及噶登颇章政权。
由于“进贡者＂都是一些为了传教或物质利益而自动前来的僧侣和商人，因此，对不来者，明朝皇帝一般是不勉强的。当然也有例外，如： 1515年，明朝皇帝遣人前去西藏请一个活佛，皇帝为此准备了价值和数量极为庞大的的礼品，据说因此皇帝内库的黄金几乎用尽，皇帝的使者浩浩荡荡地来到西藏理塘（现规划四川）并见到活佛，但活佛不愿前去，使者欲劫夺未成，反被藏人攻击，宝货器械尽失，只使者一人逃回。又如明朝皇帝多次请格鲁派创始人宗喀巴前往北京，每次都被宗喀巴拒绝，仅派了自己的徒弟前去（代师前往的释迦益希，被明皇封为大慈法王）。显然这一切都不是皇帝臣民的礼节，中国皇帝从来就没有过这样的胸怀和气度。
降秋坚赞于1363年圆寂後，由绛永释迦坚赞继位，他曾拜西藏著名学者布顿为师学法。1372年明朝皇帝根据河州卫的建议，派使者给他送来一个灌顶国师的称号。次年释迦坚赞圆寂。1374年扎巴松秋于十九岁继位，该王在位八年後将王位传给索南扎巴。索南扎巴在位五年後退位，将政权交给米旺扎巴坚赞，时西藏著名的高僧汤东加布分别在卫藏、康区、不丹等地建58座铁索桥、60余座木桥和118个木船。汤东加布 还在甘孜长期定居，泸定铁索桥相传就是他建造的。当时东方中国的皇帝也遣来使者，向各种人物献上一些尊号（米旺扎巴坚赞也获得“王＂的尊号，有人据此认为“米旺＂的“旺＂是“王＂的音译，似不确，因“米旺＂在藏语中是一个完整的词汇，为“人主＂之意，是国王的异名）和向寺院布施熬茶，同时也极力邀请西藏高僧到中国去。米旺扎巴坚赞和宗喀巴均回绝了。中国皇帝的邀请，宗喀巴起初还拒见使者，後来使者向米旺扎巴坚赞求情，经米旺劝说才予接见。但先後几次都拒绝前往中国。噶举四系中的噶玛巴四世则接受邀请于1406年去中国传教。
对明朝封赐等，当时在中国传教的利玛窦在其《利玛窦札记》中记载了明王朝处理外交事务的做法。当时有许多“朝贡＂的使者来到北京。可是“这些为数众多的的来宾并不是以真正的使节资格到中国来的，他们是为了赚钱，带来礼物并希望皇帝赏赐，为了不失伟大君主的尊严，这些赏赐还远远超过他所收到的礼物的价值。他们把收到的钱用来购买中国商品，然後拿到本国出卖，获得大利。而且他们一登上中国土地，他们的开支就都有公款报销。看来中国人想照顾这些使节，或者不如说这些商人，其唯一的目的就是要控制邻国，因此他们向皇上进贡什麽样的礼物倒似乎是无所谓的，在进贡的礼品中……还有用皮条粗制滥造编成的胸甲，他们还带来马匹，但饲养的极差，一到北京就饿死了。然而这些蛮夷从老远带来这样一些琐细的东西却使国家为他们路上的开支花费了一大笔钱。好像中国人重视的倒不是这些自称使节的低下地位，而是炫耀他们君主的伟大。
公元1409年，在米旺扎巴坚赞的支持下，宗喀巴首创拉萨传昭大法会，同年并建成噶丹寺。米旺时期打破了降秋坚赞制定的治国方针，降秋坚赞分卫藏为十三个宗（西藏行政单位，相当于＂县“，但当时的宗比现中共所划县份要大），宗本（县官）由国王派任。又分帕竹隆家族三系，一系住家娶妻繁衍家族；一系为帕竹母寺丁萨替主持；一系出家後出任帕竹国王。但米旺改变这一制度，公开分封一些重要大臣世袭宗本职务。如南喀坚赞得仁蚌宗；琼杰巴得日喀则；仁青巴获扎嘎宗；南喀松保得乃巫宗等，当时他还根据官界大小，仿古西藏而制定了官员的朝服。
米旺之弟松杰坚赞娶仁蚌巴之女，生扎巴君乃和更噶雷，1432年，米旺扎巴坚赞圆寂。父子为继位发生争执，大臣也因此分裂成两派。乃东王朝四大臣之一的仁蚌巴支持儿子继位，因为其母亲是仁蚌家族的人，因此联络帕竹丁萨替寺主持，终将扎巴君乃扶上了王位，从此仁蚌巴的势力亦大增。1434年，丁萨替主持圆寂，松杰坚赞以为有机可乘，又大肆进行篡位活动，引起很大的骚动，史称“虎年之乱＂。仁蚌巴也乘机派兵攻占琼杰巴的封地日喀则，另立政权。同时又仍在乃东王朝任职以把持朝政。乃东政权由此衰败。（松杰坚赞虽未能篡权，据《明史录》记载，他似得到“阐化王＂的称号，死後该尊号并未消失，不知为谁承袭？或是由中藏边境之人所冒充？）
仁蚌巴原为哥氏，据记载，为松赞干布内相哥让巴僧之後代，约1408年，该家族的南喀嘉赞被任命为仁蚌宗的宗本，後又被任命为曲米仁莫万户长、萨迦大佛殿主管等，到乃东王朝的第五代王米旺扎巴坚赞时得世袭仁蚌宗的敕令，由此南喀坚赞的後代被称为仁蚌巴。
南喀坚赞之子南喀嘉波为米旺扎巴坚赞和扎巴君乃两世之臣，其子诺布松保时期以武力攻占了许多地方，包括许多相互联盟的诸候都被他消灭。
公元1445年扎巴君乃逝世，其弟更噶雷继位，娶仁蚌巴之女为妻，更噶雷依靠扎嘎瓦和乃巫巴，不肯听从仁蚌巴的指使，仁蚌巴便出动其军队四处攻击，夺得许多人民土地。1480年，仁蚌巴的万余军队攻入雅隆一带，占领了扎嘎巴的扎嘎宗和乃巫巴的大量封地。次年，以仁蚌巴为主的官员将更噶雷废除，另立扎巴君乃之子京俄 阿格汪波为王，由仁蚌巴持朝政。时各地方势力拥兵自重，相互攻伐，乃东国王徒具虚名，政令不出乃东。国王则任命郭译师和巴秋扎为“帝师＂，学习佛法，并封争战各方保持“中立＂。更嘎雷死後，仁蚌巴措吉多杰以代理国王统治西藏，虽仍不断发生冲突，但由于无人能与仁蚌巴匹敌，每次的冲突总是仁蚌巴的势力大增。
1479年，仁蚌巴在拉萨建立了一个噶举派寺院，均被色拉寺和哲蚌寺的寺僧所拆毁，仁蚌巴欲派兵讨伐，被噶玛巴阻止。几年後，仁蚌巴还是先後占领拉萨等地，并从1498年开始禁止三大寺的僧人参加传昭大法会，期後二十余年，传昭大法会由拉萨附近的噶举和萨迦派僧人主持。
总之，降秋坚赞建立帕竹政权或乃东政权以来，先後经历了嘉羊释迦坚赞、京俄索南扎巴、米旺扎巴坚赞，以上五王牢固地掌握著政权，特别是米旺扎巴坚赞时势力达到顶峰。但其後扎巴君乃开始权柄落入仁蚌巴手中，领地接二连三地被仁蚌巴侵夺，到後来，乃东王朝已是形同傀儡。从京俄阿格汪波以後的各继位之王的情况，史书记载多不详，乃东王室除有国王虚名而外，事实上已无力影响西藏的政局。其国王称号则一直保持到噶登颇章政权建立时为止。从仁蚌巴专权以及後来事实上统治整个西藏开始到藏巴王朝建立为止，西藏史书将这期间称为仁蚌巴统治时期。
辛厦巴才丹多杰，在仁蚌第司（执政官）阿旺南嘉时任“奇本＂之职，後在香和下年等地长年担任征税官，1548年被仁蚌巴任命为日喀则宗本，1565年，辛厦巴杀第司之弟；举兵造反。先後占据香、八囊伦珠孜、帕日等宗，到1566年，几乎囊括了整个藏地。从此自称藏巴加波，（“藏＂即今日喀则一带。“加波＂即国王之意），辛厦巴有九子，他死後由拉旺多杰继位；拉旺多杰死後，由其弟丹松汪波继位。丹松汪波死後，由其子彭措南嘉继位，公元1613年，彭措南嘉攻灭阿里王国，并将四边的小国予以占领。彭措南嘉崇信西藏佛教各教派中的噶举派，并两次因宗教纠纷出兵攻击不丹，并给噶举四大支中的噶玛巴封上卫藏之主的印信。同时却仇视新兴的格鲁派。1617年，信仰格鲁派的喀尔喀蒙古卫地格鲁派信徒组成的联军反攻藏巴国王。次年，噶玛巴丹君汪波率万余人前来，打败了由色拉寺僧兵与其他格鲁派施主所组成的联军，占领色拉寺和哲蚌寺，杀死几百名僧俗人，其余僧侣被迫逃亡北方。并在扎什伦布寺与日喀则之间建一噶举派寺院，在扎寺後山采石时，滚石毁扎寺房屋多处等。
藏巴国王还统一度量衡并制定了国法（史称十五律）。
1621年，格鲁派军队与由五世达赖喇嘛的管家引来的蒙古军队在拉萨附近的决战中，击败了藏巴国王的军队。藏巴国王的军队退守药王山，危在旦夕之时，经班禅仁波齐从中调解，藏巴国王允许哲蚌和色拉寺僧人返回寺院，退回格鲁派寺院的庄园，改正被强制改宗噶举派的格鲁派寺院等。但藏巴国王并不甘心，此後仍继续仇视格鲁派的政策，五世达赖喇嘛的父亲被拘押至死，吉秀德瓦等格鲁派施主被迫逃亡蒙古。同时还与占据青海而信仰噶举派的蒙古林丹汗和在康区信仰西藏传统宗教--苯波教的白利王联盟（林丹汗与白利王已开始在其境内扫荡格鲁派僧侣），试图完全消灭格鲁派。在此之际，格鲁派不甘坐以待毙，遂派人从新疆引来蒙古军队攻灭了藏巴王朝，建立了西藏噶丹颇章政权。
宗喀巴是西藏安多宗喀（现西宁附近）人，名罗桑扎巴，十六岁前往卫藏学法，随各派高僧学法，主要接受由阿底峡开始传承的噶丹派理论。因目睹当时西藏各教派戒律松弛，修习无一定规则等现象而著有《菩提道次第广论》《密宗道次第广论》等著作。公元1409年，在扎巴坚赞的支持下创建噶丹寺，由此标志著西藏四大教派之一的格鲁派的正式形成。宗喀巴自任噶丹寺第一任池巴（寺主或法台之意，噶丹池巴的继承不采用转世制，而是从格鲁派最博学的僧侣中通过考试选任，在西藏拥有极高的声誉）（1416年，宗喀巴弟子江永秋结扎西巴登创建哲蚌寺。1419年宗喀巴弟子释迦益西创建色拉寺）。宗喀巴于公元1419年圆寂，传承，光大其事业者为其两大弟子，及班禅喇嘛和达赖喇嘛。
一世达赖喇嘛根登珠（1391-1474）十四岁出家，1414年拜宗喀巴为师，1447年创建扎什伦布寺，集三千余僧。自为堪布，被称为班禅格登 珠。
二世达赖喇嘛格登嘉措（1475-1542）幼时被认定为根登珠之转世而引人扎什伦布寺，1498年，仁蚌巴的军队攻占拉萨等地，因达隆巴和噶 玛巴等从中调解，色拉、哲蚌等寺虽得以保全，但从此有二十年被禁止参加传昭大法会。1517年，因哲蚌寺的再三请求，格登嘉措在扎什伦布寺任命代理人後前来哲蚌寺任池巴，并建立噶丹颇章（为一建筑，噶丹，藏语具乐，颇章，藏语宫，即“俱乐宫＂之意，後成为由五世达赖喇嘛建立之政权的称呼）。从 1518年开始因仁蚌巴势力减弱，格鲁派僧侣又可以参加法会了。
三世达赖喇嘛索南嘉措（1543-1588）由班禅索南扎巴等人认为前世之转始而引人哲蚌寺，即成年，精通佛法，善于调解各割据势力间的争 门。1559年被已趋式微的乃东王扎西扎巴坚赞请到乃东，并献上“遍知一切＂“大国师＂等称号。同时，索南嘉措还到西藏各地传教，足迹几乎遍及整个卫藏。大约在此时，蒙古俺答汗（元大汗）进入西藏东北安多地区的青海湖附近。
1575年，仁蚌巴率万余兵攻掠堆伦等地。约在此时，俺答汗不断地遣人邀请索南嘉措前去传法，索南嘉措最後答应并沿北方荒漠地带前来传教。俺答汗亦前後几次遣来几千人拔涉几百里前来迎接，1578年，双方会面，索南嘉措向俺答汗传教并劝俺答汗停止殉葬、血祭等习俗，并以符合佛教的习俗代替之。期间，俺答汗给自己的上师喇嘛索南嘉措献上“金刚持达赖喇嘛＂的尊号，（其中“达赖＂乃索南嘉措之“嘉措＂的蒙译，为大海之意，从此该转世系统就被称为达赖喇嘛，一世和二世达赖喇嘛之号是後来追认的）达赖喇嘛亦赐予俺答汗“法王梵天＂之号。另外还有以三个王族成员为首的几百人从索南嘉措受戒出家。俺答汗返回蒙古时，还确定由留驻青海的蒙古每年向西藏贡嘎地区贡马。其後三世达赖喇嘛来到康区，于1580年开始建理塘寺。不久，俺答汗逝世，根据其遗愿，三世达赖喇嘛再次前往蒙古并最终在蒙古圆寂。
四世达赖喇嘛云丹嘉措（1589-1616）诞生于蒙古，是个蒙古族人。成年後迎至西藏，拜扎什伦布寺池巴班禅罗松秋杰为师，当时，由于格 鲁派和噶举等教派的一些人愚蠢行为，使双方多次发生冲突，来自青海湖边的蒙古和部分格鲁派的施者所组成的藏蒙军队被藏巴王击败，世局多有不宁，四世达赖喇嘛二十九岁时圆寂。
五世达赖喇嘛于1617年诞生在琼结；当时统治西藏的是国王膨措南嘉，他继续崇信噶举派而压制格鲁派的政策。那年朝圣的蒙古人因此劫夺了噶玛巴的牛群。国王于次年派兵前来讨伐，由蒙古和拉萨吉秀巴等格鲁派施主以及色拉寺僧兵等组成的蒙藏联军溃败。僧侣大部逃亡藏北或蒙古等地，国王军队在哲蚌寺後山杀死许多拥护格鲁派的人；吉修巴的领地丧失殆尽，许多格鲁派寺院逼迫改宗噶举派。後因与国王有姻亲关系的达隆巴从中求情，色拉寺和哲蚌寺的僧侣得以返回被破坏的面目全非的寺院。
不久，国王逮捕了五世达赖喇嘛的父亲，因为他倾向于国王不和的贡波首领。就在此时，由拉尊罗桑丹增和顾实汗台吉率领的两千蒙古兵来到拉萨，与格鲁派军队一道向国王军队发起进攻，国王军队损失惨重，被迫退守拉萨药王山附近。时在哲蚌寺静坐的班禅喇嘛匆匆赶来调停，拉尊罗桑丹增经不住班禅喇嘛的再三请求终於停止了进攻，使国王的千余军队免遭屠杀。随後双方达成协议，国王允许将强制改宗的格鲁派寺院予以改正；退还被没收的格鲁派及其施主的财产和土地等。
夏额（一官职名，在不同场合含义相异，此处相当于“总管＂）索南求佩回到哲蚌寺後，四处寻访四世达赖喇嘛的转世，最後由班禅喇嘛根据食团卦卜的结果，立琼结灵童为第五世达赖喇嘛。班禅喇嘛为其削发并赐名阿旺罗桑嘉措。哲蚌寺向国王报告达赖喇嘛已寻获时，国王的两个主要大臣为就近监视，称灵童最好来扎西伦布寺学经。班禅等能持达赖喇嘛入哲蚌寺。又有人称好心而建议灵童到蒙古为好，佯允而随行潜逃到阿日果地方，为免国王疑心，自请国王遣人前来。国王派来的监督者对来人严加防查，特别对来自蒙古的香客搜查极为苛刻。达赖喇嘛一行回哲蚌寺不久，其父在囚禁中逝世。约在当时（1627），意大利的传教士噶斯拉（P.P.Cacella）和格然（Cabral）先後两次到日喀则并住了约两年时间，他们似乎是第一次来到西藏的西方人。
1631年，国王去世，其子丹均汪波继位。次年蒙古军队劫埃米格日地方，国王征调大军前去防御，因班禅喇嘛从中调解成功，国王允许格鲁派恢复对拉萨的控制地位。
时因内乱而迁移到西藏青海湖一带的喀尔喀蒙古却图汗，逐渐控制了青海湖一带。却图汗仇视格鲁派，有些藏文史书载其信仰中国的道教。康区白利王，其父辈皆为佛教徒；其继位之初亦然，後因故改宗西藏苯教，亦在其境内杀害佛教僧侣，捣毁三世达赖喇嘛创建的理塘寺等，多行不议。却图汗和白利王还与藏巴国王联盟，企图共同消灭佛教干扰格鲁派。
时格鲁派噶登颇章（因达赖喇嘛住在哲蚌寺一叫噶登颇章的建筑内，故噶登颇章为达赖喇嘛办事机构的代称，後又成为达赖喇嘛所建政权之名称），夏额.索南求佩根据卦示，亦遣噶日译师潜往新疆向厄鲁特蒙古求援，厄鲁特众汗王鉴于达赖喇嘛与蒙古间的亲密关系，决定派兵 保护；顾实汗随即自告奋勇愿前去西藏。
公元1635年，却图汗派儿子阿萨隆台吉率万余兵前往西藏捣毁格鲁派寺院。顾实汗闻讯率少数随从以朝圣为名在途中与阿萨隆见面，双方密谈几日後顾实汗返回。阿萨隆到西藏中部後，违背父亲的旨意，分左右翼进直贡和藏，自率中军前往雅桌玉措一带。噶玛巴（红帽）随即写信给却图汗，指责其违约。却图汗怒，遣人杀阿萨隆。
时顾实汗率本部及准噶尔军队进袭却图汗，以一万兵打败却图汗的三万兵，擒杀却图汗。在西藏的阿萨隆部得讯後进退两难，遂分散定居在西藏。
不久，顾实汗前来拉萨朝圣，在拜见达赖喇嘛时，五世达赖喇嘛赐给顾实汗“丹增秋吉嘉波＂（持法法王之意）的尊号。
在康区的白利王这时已与藏巴国王约定出兵日期，藏巴国王已积极进行准备。顾实汗遂于1640年率兵进攻并擒杀了白利王。次年顾实汗＂佯称退兵，使藏巴国王放行让班禅喇嘛前往拉萨後，突然进攻藏巴王。几次交锋，王军和溃或降，均遭失败。国王最後采取收缩军队固定各要塞的策略，蒙古和格鲁派联军几次攻击均被打退。招来蒙古军队的夏额索南秋佩得知国王军队所守各要塞极为坚固难于攻取时，欲请五世达赖喇嘛从中调解，为达赖喇嘛所拒绝。起初，达赖喇嘛以交战带来杀戳，反对向蒙古求助，甚至为免战争而不惜就父亲囚死狱中一事为国王辩护却未被听从。
此时达赖喇嘛认为：格鲁派造反并引来军队是众所皆知的事实，国王为权宜计即使接受议和，蒙古军队退走後绝不会轻易罢休，所以已无和解的回旋余地。到五月间，哲蚌寺僧兵设计仅用半日即攻克了冬嘎的宗堡。兵威所及，拉萨以东的迪钦、乃吾、沃噶、文扎喀、琼结、拉嘉日、贡噶等相继投降；夏域巴与格让巴起义，迫使乃东巴与求嘉坡章等亦随同跟进。
1642年2月，蒙藏军队攻克由国王把守的日喀则宗堡。国王经班禅喇嘛和萨迦法王的求情得免一死，和其主要大臣一道囚禁在乃吾宗堡中。
4月，顾实汗迎达赖喇嘛到日喀则，在藏巴国王的宫殿内，仿照乎必烈奉献西藏三区于八思巴，将西藏三区奉献给五世达赖喇嘛，并 将自身和部众亦作为供奉献给了达赖喇嘛。同时赠于夏额.索南秋佩“第司＂（执政官）之号，让其协助达赖喇嘛管理西藏，顾实汗自掌蒙 古部众。至此西藏藏巴王朝正式被推翻，代之而起的是由达赖喇嘛领导的噶登颇章政权。
达赖喇嘛返回哲蚌寺不久，各地的噶举派和国王势力纷纷举兵造反并攻战了仁蚌等宗。顾实汗第司索南秋佩亲自率军前往叛军势力最强的达波和贡波，先後消灭了近一万五千名叛军。并从被俘的噶玛巴厨师嘉玛秋英身上搜获一份信，信中计划要杀死顾实汗和索南秋佩，囚达赖喇嘛和班禅喇嘛，摧毁寺院，并具体地瓜分了格鲁派的属地等，此信令顾实汗大怒，当即下令处死了被认为是祸根的藏巴国王及其主要大臣们。当时有一些噶举派寺院亦被强制改宗格鲁派。
次年，印度和在尼泊尔境内的三个国家遣使前来祝贺新王朝建立。公元1644年，因不丹攻打门巴，驻扎在不丹边境的西藏军队奉命进攻不丹，他们虽占领了一些堡寨，因不丹地势险要，最终却不得不败退。一些西藏史书记载：藏军被迫投降，不丹释回士兵却拘押军官为人质。後经班禅喇嘛和萨迦法王的调解，不丹释回俘虏并答应将原来每年向藏巴国王进贡的大米专贡噶登颇章政府。
1645年开始在松赞干布修建皇宫处（时仅剩一小屋）扩建布达拉宫，布达拉宫历时43年才告完成。
1648年，噶登颇章政府军兵分三路征讨不丹，结果因其中的一路军队竟无故自相惊扰并溃散而失败。
不久达赖喇嘛遣拉康巴和仲嘎巴率人前往达泽多（康定）、佳拉（泸定）甘孜、嘉戎、嘉塘（今云南发迪钦）巴塘、理塘、木里、噶域等地清查户口确定赋税，并将内容记录在案，辑成五十六卷。
1654年，顾实汗逝世，顾实汗自从将政权等献给达赖喇嘛後，其座次与第司平等，有关政事除第司偶尔象征性的征询意见而外一直不予干涉，只是以“丹增求嘉＂的名号统领蒙军，冬驻拉萨夏驻当雄。其所率（包括在青海湖的蒙古）部众被称为“雄苏＂（即属于政府的蒙古），他被称为“雄苏加波＂（即属于政府的蒙古王）
1657年，噶登颇章政府再次出兵进攻不丹，终因内部不和加上卦卜不吉而罢兵。1658年顾实汗之子丹增多杰承袭父亲的爵号。同年，第司索南秋佩圆寂，匿丧达一年之久。 1660年，达赖喇嘛封成列加措为第司，同时加封丹增多杰为“丹增达延汗＂，两人同时举行了任职典礼。
1661年尼泊尔军队侵占西藏边境城市琅乌喀，不久被西藏军队反击赶出。1662年，班禅圆寂。同年锡金王子继承王位并前来拉萨拜见达赖喇嘛，还对噶登颇章政府颁布的“十六律＂表现了极大的兴趣。
1667年丹增达延汗逝世。次年开始，因不丹攻袭门巴阿久部，噶登颇章政府与不丹发生长期冲突，最後噶登颇章政府收复失地（包括从锡金赶走不丹军队）并烧毁了不丹的丹东宗等堡寨，还在边境驻兵设哨断绝通商等。
1669年任命罗桑图特为第司。 1671年顾实汗幼子宫秋达延汗继承爵位。次年由第司主持制定了政府官员的朝服。
1674年平定康区部分地方的反抗运动，二十余首犯被叛死刑（後由达赖喇嘛赦免改为终身囚禁）。不久罗桑图特辞职，改由南嘉寺管家代任第司。1679年桑杰嘉措就任第司。
原为西藏阿里三围之一的拉达（现克什米尔东部），自改信朱巴噶举後，频频侵扰并占据了阿里的许多地方。在扎西伦布寺出家为僧的浑台吉之子噶登才旺，奉命还俗并领兵与拉达军队作战。首战告捷。拉达军固定城堡不出战，噶登才旺遂绕开城堡直入拉达腹地，迫使拉达军队前来揽截，噶登颇章政府军连战皆克，不久攻克了拉达首府列城。逃亡的拉达国王向伊斯兰军队求救，拉达与伊斯兰联军虽摧毁了在白土的兵营，但不久亦被藏盟联军击败。後经不丹国王调解，拉达国王亲自前来向噶登才旺磕头并献子为质。噶登才旺废黜其王位，另立被认为是赞普後裔的罗桑白玛为拉达王。
1682年，五世达赖喇嘛圆寂。五世达赖喇嘛不仅统一了西藏，而且从政治、文化、医学、历史等各方面为西藏作出了极大的贡献。他同时还是西藏和蒙古两族共同戴奉的领袖。当时蒙古首领（包括喀尔喀）的任命都要由达赖喇嘛“给文＂，甚至满清在校堪喀尔喀来使时，亦以有无达赖喇嘛的给文为准，直到1680年，康熙不满达赖喇嘛与吴三桂的联系，在理藩院询问喀尔喀使者没有达赖喇嘛的给文，是否应收其物时，康熙皇帝指示以後蒙古进物不必以达赖喇嘛之文为据。但有关蒙古的事务，凡棘手的康熙仍不得不求助于达赖喇嘛。如1684年喀尔喀右翼扎萨克图汗因子侄流落左翼，向康熙求助，康熙答应後却给达赖喇嘛写信，反复述说利害，希望与达赖喇嘛联合遣使往谕。其後，哲卜尊丹巴给康熙信中反复表示自己自幼皈依达赖喇嘛之教，达赖喇嘛遣使他将予遵守等，说明即使在与满清关系极密切的喀尔喀蒙古，康熙亦仍不得不求助于达赖喇嘛。由于五世达赖喇嘛在西藏历史上的光辉业绩，被西藏人尊称为“伟大的五世＂。
---原连载《西藏通讯》总第4--8期
<待续>
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